Согласно поверьям, тот, кто услышит стон, издаваемый Мандрагорой при её выкапывании из земли, должен умереть; чтобы избежать смерти человека и вместе с тем удовлетворить жажду крови, якобы присущую Мандрагоре. При выкапывании Мандрагоры сажали на привязь собаку, которая, как считалось, погибает в агонии.

Плиний считал, что белая мандрагора — это самец, а черная — самка. Вырывать мандрагоры из земли было опасно (Шекспир в «Ромео и Джульетте» пишет: «Стоны мандрагоры, когда ее с корнями вырывают, — тот звук ввергает смертного в безумье»), и для этого следовало использовать специально обученную собаку.

Предполагалось, что это растение имеет различные магические свойства. Оно считалось способствующим сексуальной активности и деторождению. Так, например, в Библии бездетная Рахиль возжелала мандрагоры, собранные Рувимом, сыном Лии; в Древней Греции мандрагора ассоциировалась с Афродитой и Цирцеей (как любовное снадобье). В средние века она связывалась с дьяволом, нечистой силой. Мандрагора также символизировала возбуждение, мужской принцип; в языке цветов она выступала как образ редкого, необычного.

Древние арабы и немцы верили в мандрагор, демонических духов, напоминавших маленьких безбородых человечков, которые обитали в этих растениях. В средневековье считали, что мандрагора сжимается при приближении человека. Прикосновение к ней может быть роковым.

Выдернутая с корнем мандрагора кричит и сочится кровью, а тот, кто вырывает ее, умирает в мучениях.

Плоды ее и само растение можно безопасно собрать, если окопать вокруг нее землю, оставив небольшую часть корня. Затем следует привязать к корню собаку и уйти. Собака, пытаясь вытянуть корень, чтобы последовать за хозяином, удавится. Гибель собаки придаст корню мандрагоры силу, необходимую для защиты от демонов. Также верят, что корень может предсказывать будущее: он качает головой в ответ на задаваемые вопросы.

В Древней Греции мандрагору называли растением Цирцеи, богини ведьм, которая готовила из корня сок и воспользовалась им, чтобы превратить спутников Одиссея в свиней. В Греции и в Риме растение также применяли в качестве анестезии перед прижиганием и хирургическим лечением.

Говорят, что средневековые ведьмы по ночам собирали корни под виселицами, на которых умирали нераскаявшиеся преступники, порочные с самого рождения. Подразумевалось, что корень вырастает из того места, куда просачивается истлевающее тело преступника. В соответствии с христианским учением, ведьмы моют корни в вине и заворачивают их в шелк и бархат. Затем кормят священными просфирами, похищенными из церкви во время причастия.